En ciertas ocasiones el depósito de las cuentas anuales va acompañado de una nota de defectos emitida por el Registrador Mercantil, que califica como contraria a ley la actuación de la sociedad para la aprobación de aquéllas. La regulación operada sobre las Cuentas Anuales por parte del Código de Comercio y de la Ley de Sociedades de Capital, tiene una finalidad claramente garantista. No únicamente frente a terceros –ya que para ello la información económica que contienen se ve sometida a un cierto control, así como a su depósito– sino también en términos de estricta legalidad al quedar igualmente sujetas a las disposiciones que sobre esta materia contiene el Reglamento del Registro Mercantil. Las discrepancias que sobre la interpretación de estas normas surgen entre los Registradores y las sociedades que acuden a depositar sus cuentas son frecuentemente solventadas por la Dirección General de los Registros y del Notariado.
